变种人的出现令整个纽约市都震动了起来，到处都是变种人的新闻，所有人都将目光关注到变种人这种新奇的物种之上。水印广告测试水印广告测试好的意见和恶毒的意见到处都有，并没有一个特别统一的说法。
在纽约大学的地下室和车库建立了全新的x学校，查尔斯教授再次重操旧业，开始积极引导学生们正确的使用自己的特异功能，避免引起整个社会的动荡，同时又主动引导社会舆论，想要重新建立起一个对变种人较为宽松的社会环境出来。
陈香根据特工附身的程序特点，设计了一款防火墙金箍，使得每一个带着这个金箍的人都可以避免被特工附身，从而丧失自己的意识。
而且陈香还依次将这些学员们从母体世界中拯救出来，正式成为了乌贼号的船员，短短的一个星期时间，陈香就拯救回来十二个发生变异的变种人，让他巨大无比的乌贼号飞船显得不那么空荡荡的了，未来的三个月里，他更是几乎将整个乌贼号都给装满了。
很快，陈香就发现，新一版本的特工出现了。
这种特工显得更加强大，战斗力更强，防数据突破能力也强大了许多，而且数量也增加了不少。原本整个纽约市里只有三个特工，这一次陈香将三名特工全部干掉之后，纽约市里出现了至少三十个特工，而且还在不停的增加之中，恐怕至少要到三百个以上母体才肯罢休。
陈香能够感觉到，这些特工的某些编程方式，跟他的设计理念极为相似。陈香嘴角微微一翘，明白母体这是在模仿学习他的编程技巧，母体正在热切的关注着他的一举一动，并从他的举动之中汲取改进的技巧。从而推进自己的系统进化！
好啊，赶快来学吧，我会让你得到一个巨大的惊喜的！陈香心里默默念道。
当x学校聚集了上百个学生，并且母体发现这些变种人学生中正在大量的变成觉醒者。加入到锡安反抗军之后。开始正式宣布x学校与恐怖分子有勾结，要对其进行查抄。正式掀起了两者之间的剧烈战斗。
强大的特工和强大的变种人们混战在一起，在强大的陈香的支援之下，特工终究被打退，并以强力的电磁异能。直接将纽约大学用金属给封闭了起来。
很快，陈香就以纽约大学为场所，建立起了一个觉醒者的基地，正式掀开了与母体之间的对抗。虽然这与查尔斯教授的初衷并不相符合，但是他也明白这不是拘泥于自己原则的时候，也默许并支持了陈香的做法。
随着新闻的广泛传播，有越来越多的普通人开始了解觉醒者这个恐怖组织。更有许多人不知觉的发现了自己身上的变异，开始寻找帮助，也了解和加入了觉醒者的组织。而这些人类，都成为了陈香的忠实信徒。在原有的世界观人生观价值观崩溃之后，他们急需要一个新的信仰作为价值核心，拥有着强大魅力的陈香，自然承担了这个责任，成为了大家的神和拯救者。
在这样的积累之下，陈香的光明圣火尊者诀的光辉也在不停的积累着，他也不停的通过附身的方式，将这些光辉散播到普通人的身上，因为他发现，可以通过这种光辉的沾染，促进普通人的觉醒，使他们尽快的成为变种人，并加入到自己的队伍中来。
到了后来，十几艘船的几百名船员都来到了纽约大学，整个纽约大学都成为了锡安人在母体中的堡垒，开始了正式和母体对峙的步伐。
紧接着，母体又调集了军队前来围剿，坦克和飞机都已经全部云集在了纽约大学的四周，因为城市里高楼大厦太多，人口太多而无法彻底展开，并且也不敢以绝对的火力将整个纽约大学夷为平地，因为他们还需要陈香他们一伙人的创造力。不过母体还是每次以泰山压顶的态势前来进攻，一副不将他们赶尽杀绝便不罢休的态势，实际上也是为了刺激陈香等人加快创新的步伐。
好在变种人的强大实力抵抗住了母体军队的倾轧，坚强的挺立在纽约之中，不曾屈服。
又是一天的激战，傍晚时分终于暂时停火了一段时间。陈香漫步在纽约大学的校园里，自然的清风抚弄着他的衣角，绿色的蔬菜和粮食在他的脚下快速的生长，鲜花快速的在他身边盛开授粉并结出累累果实，虽然只是初夏时节，校园里的水果却已经熟透了，到处挂的琳琅满目，由基地里的人们随意取食。
不错，经过两个月的时间，陈香已经通过假面和岱宗夫如何的环境建模，将整个纽约大学内部的所有规则全部破解干净了，就连操纵风和植物动物生长的程序也全都掌握在了自己的手上，自然法则已经掌握的七七八八了。可以说，这里已经是陈香的私人王国，是他的私人领域，他可以说就是这里的神祇，掌控着一切的程序和规则。
在这个过程中，陈香胸中的自然法则也和纽约大学中掌管自然内容的程序融为一体，借由这些程序的运行，陈香对自然法则的掌握也更加深刻了。
在自然法则的催动下，原本仅仅是花坪林带的装饰性绿地，却能够三天一熟的供应起整个纽约大学上千人的饮食，令所有人都能够吃上新鲜的瓜果蔬菜，就连牛羊都能够管够，更令那些觉醒者和变种人们对他顶礼膜拜，将他视为神一样的存在。
在这种节节胜利的情况下，经过陈香拯救和训练，大量的觉醒者被送回了锡安，他们已经成为了陈香的忠实信徒，带着陈香的传奇故事回到了锡安的人群之中，将对陈香的崇拜感情再次在人群之中传播了开来。
没过多久，墨菲斯带着尼奥等人也回到了母体之中。虽然尼奥本人并不怎么觉得陈香是在抢他的风头，但是墨菲斯和崔妮娣他们觉得尼奥也需要承担起救世主的责任，不能让别人抢去了他的责任，从而避免被人篡改了人类的未来。
他们积极的为尼奥四处奔走着，帮他巩固着自己的信徒，并努力的训练他，令尼奥的能力越来越强，更成为了另外一个小队的核心，在纽约大学之外的地方活动着，给母体造成其他的烦恼。
在尼奥他们再一次见先知的时候，宿命继续上演，尼奥他们再一次被为数众多的特工给围住，尼奥在掩护墨菲斯离开的时候，终于被杀死，而他的救世主命格终于觉醒了，而关于他的命运，则正常运行了下去。
陈香听到这个消息之后，只是微微一笑，盘腿坐在纽约大学的一棵橡树下，认真的感受了一下他在尼奥身上的印记，接着便放任尼奥去做他的事情，自己则进一步的感受和掌握着身体里的自然法则。
尼奥，是逃不出他的手掌心的。
一棵金色的桃花树默默的在他的身后浮现起来，散发出令人目醉神迷的光芒，缓慢的生长和散发着，静静的为陈香演化自然法则。
变种人的强大已经开始令母体感到忧虑了，他决定派出乌贼大军将那些飞船，尤其是乌贼号飞船赶回锡安去，好让他们断开同母体之间的联系，从而将纽约大学抽成空壳，任由母体将纽约大学整个推平掉，以避免他们获得能够伤害母体的能力。
当母体拥有足够的掌控整个局势的把握的时候，他才会再度放任陈香出来，继续他们创造力和榨取创造力之间的小游戏的。
在母体的操纵之下，数十万的乌贼大军快速集结起来，带上了三个巨大的机械钻头并向锡安的方向赶去，很快这一行动便被锡安的飞船所监控到，并报送回了锡安总部。
这两个月来，在艾瑞克教授的努力下，锡安又生产出了十六艘飞船，现在锡安方面的飞船数量，已经达到了三十三艘，人形装甲也达到了五百台，整体的军力已经算的上是空前的强大了。
但是在面临这数十万的乌贼大军的时候，三十三艘飞船和五百台装甲只是杯水车薪，他们却也只是待宰的羔羊而已，根本没有直接面对面抵抗的能力。
这一次这些乌贼的进攻目标也根本没有直接针对这些飞船，而是向锡安的方向飞去，还带着三个巨大的钻头，想要一举将整个锡安摧毁掉。
陈香一眼便看出来，这其实就是母体一个围魏救赵的计策。它想要让所有的飞船都离开通讯层，使得母体中的觉醒者们都离开这里，要攻击飞船们必须拯救的地方，这样一来他们就必须离开机器城市附近，从而断开链接，撤出母体中的那些觉醒者们，这样一来，纽约大学就会成为空城，从而就可以更加方便的加以铲除了。
母体真是打的一手好算盘啊，只可惜它遇到了自己。陈香微微的笑了笑。
在第一时间里侦查到这个情况之后，所有的船长都在纽约大学的学术礼堂里开会。陈香毫无疑问的坐在最上首，查尔斯教授没有坐在桌子上，而是坐在了他的斜后方，表示出对陈香的支持态度。
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