对倭之战与和，朱翊钧有自己的看法，朝鲜与辽东一衣带水，又能在贸易上牵制东虏，倭侵朝鲜，势必影响辽东安危，而辽东安危关系京师安全，这不得不让他慎重以待。
几日后，太仆寺发马价银二十五万七千两，作为水陆各兵三月的粮饷，及防倭官的犒赏。
不日，户部尚书杨俊民又上疏，辽东所积米豆及朝鲜见报粮数只有二十余万石，恐经用不足，请行山东发公帑三万两，委官买籴运至登莱海口，再令淮船运至旅顺，辽船运至朝鲜，又偕临、德二仓米各二万石运至登莱转运。
朱翊钧批准，另谕旨事关军机不许延误。
即使出高价买粮，好歹初期的粮饷算是有了着落，至五月下旬，刑玠抵达辽东，之前，他已命麻贵率一万七千宣大兵向鸭绿江进发。
就在六月，日本已有上千艘舰船停靠在釜山，刑玠抵达辽东之后，探知倭军在建城堡，贮淡水，为大战做准备。
七月丙辰，刑玠即呈上用兵方略：“臣谓一取釜山，则行长擒，清正走，自是奇着。杨元、吴惟忠甫至王京，拟遣二将分屯全罗之南原、庆尚之大丘，庆州大将军驻王京，居中调度。
已闻南原城圮尽，庆尚一道半为贼据，孤单难入。乃檄杨元趱饷整理南原，吴惟忠姑往忠州。
入夏雨住，麻将军七月初始至碧蹄馆，王京去釜山千四百里，而南原、忠州乘相去数百里，势难趋捣。
且行长营釜山，清正营西生浦，如破釜山，陆路必由梁山，梁山西北有峻岭，南有三浪大江，直通金海、竹岛二处，皆咽喉地，倭并伏劲兵，不可不防……
倭水陆各一只在梁山东西扼险，我后无应援，再益以机张等兵自东来，益不可当。如破清正，陆路自西而东，则由东莱、机张，自北而南，则由庆州、蔚山，此路东南大海，西北山岭稻田，只可用步兵。
水路必自东而西，有长髻、甘浦、开云，而长髻水兵极单弱，故虽有奇着，而势未可乘。臣以为倭所依者税，而水战不利正兵，须东西各水兵一支牵其回顾，陆兵方可冲突，仍一军屯南原捍全罗，一军屯大丘扼庆尚，一军屯全庆，中如晋忠宜宁为中坚，然后分向釜山、机张，两陆路、水兵东西四面齐发，此正着而兵粮不齐难轻动，请持久以老之。”
朱翊钧收到刑玠的奏疏，即刻批复：与经理总兵密图进止，朝廷信任自专，惟求全胜，不论迟速。
此时已是七月仲夏，京城一派夏日炎炎之景，但就在上个月还经常是大雨如注，昼夜不止，尤其十九日那晚，电闪雷鸣，身在启祥宫的朱翊钧再次从梦中惊醒。
醒来那刻，朱翊钧心脏猛的一跳，一种不好的念头无端从心里渐渐冒出。就在刚才，他在梦里还遇见一个哭泣的女人，他不知道她是谁，又为何哭泣？只是惊诧她怎么那么多泪水。
没过多久，宫里似乎已乱成了一片，太监们高亢刺耳的声音响彻大殿：“走水了…走水了……”
乾清宫近侍很快来到朱翊钧身边，一脸惊慌失措：“爷，不好了！皇极殿走水了。”
朱翊钧闻言神色一紧，道：“怎么回事？”
近侍回道：“是天火先引燃了归极门，后来延烧到了皇极殿，然后文武二阁也跟着起火，一时俱烬。”
朱翊钧听了久久没有说话，又想起去年三月的那场大火，他同样是在梦中惊醒，只是那次梦里遇见的人是杨汝常。
“因果报应……难不成真应了是因果报应？”朱翊钧口中喃喃道。
几日后，三殿受灾的消息也登上了邸报，同朝鲜战事并列。用了百十来字，却并未描写受灾的惨状，只是列举了自有明以来，历次宫廷火灾：永乐十九年，三殿灾；正统十四年夏，南京宫殿灾；弘治十一年，乾清、坤宁灾；正德九年，乾清宫灾；嘉靖二十年，九庙灾；三十六年，三殿及午门俱灾；四十年，万寿宫灾……自永乐辛丑，到万历丁酉，俱是已酉丑午，戍丙丁戊年月，宫殿俱灾，国朝以来之所未有之。
这邸报让人看了都觉得晦气，字里行间透着一股王朝末路的颓废。
就在三殿受灾的前几日，即六月十四，杨元亲领三千兵马进入了南原城。
同样是六月，驻守在竹岛的锅岛直茂部将丰茂守得知明军已进入朝鲜，感到十分忧虑，他思前想后，想出一计。不过要先吸引朝方的人过来……没多久，朝鲜兵道使金应瑞便派郑承宪前往竹岛与之会面，想看这丰茂守意欲何为？
丰茂守说的很直白：“关白已令诸将出战，你们朝鲜有把握取胜吗？我军会先击庆尚、全罗两道，之后还兵沿海，欲夺济州岛。此时三国（道）百姓，必定死于刀口之下，我不胜愤懑。你们朝鲜为何不立即讲和，以至开启战端？不过，现在讲和还来得及，尚可免兵戈之祸。”
郑承宪简直惊呆了，这到底是讲和还是恐吓？他不敢相信丰茂守这番不着边际的话，于是故意说道：“二十万天兵已渡鸭绿江，自义州至全罗道，相继出来，连续运粮。观你等反复，当剿杀无疑，还有什么可讲和的？”
丰茂守听了语气渐软，他挥退守下，又朝郑承宪附耳说道：“关白希望打下全罗、庆尚、济州之后，退兵宜宁、庆州等处屯据，招募朝鲜散卒遗民联合我军大作农事，储备兵粮，年复一年，以图蚕食朝鲜。而且他还勒令我等部将以妻子、儿女作为人质，万勿违抗命令，我已不得已交出了我的家人。”
“现在关白又下了新的命令，说朝鲜多山城，攻城之难远非壬辰可比，宜宁、庆州这两处，即便花费一年，也要将其攻克。能击者重赏，不能击者，当重罚。正是这道命令，部将们都胆气倍增，说可以先用厚防牌和载有大銃的炮车遮前而进，就算你们投石头、射箭也可以抵挡一阵，然后再逐渐迫近城池，城外设置木栅，与你们相持，不消数日便可攻破。你们既已知道了这些计划，就应当做好防备。”
“还有啊，你们呢要把老弱先移走，然后领精兵入守，多多聚集粮草、军器，城池呢也要围个四五圈，这样才能保万无一失。即便外郭守不住还有内城，军心有所依仗，城池必定可保全。你要将我说的这些转给你们兵道使，不要错失时机。”
郑承宪依然一脸怀疑，看着他。
丰茂守又叹道：“我这番话看似背叛我国，但我也厌恶此次出兵。只要你们能守住一两个城池不败，我们日本必定撤兵，所以才对你这么说。而且你们兵使曾对我很客气，信义难负。假如……你们军器不备，也不必死守，万一被我军攻破，只会受辱于我军，所以，千万慎重……”
郑承宪心情复杂地回去了，并将这些情报禀告给了金应瑞。
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八月四日，倭军左先锋小西行长入侵庆尚道的泗川、南海岛，而右先锋加藤清正同一天攻下咸安、草溪。
八月五日，朝鲜庆尚道的各地守将闻风而逃，晋州牧使放弃了鼎盖山城，庆尚道右兵使金应瑞逃到了陕川，作为朝鲜最高统帅的都元帅权栗逃到了星州，都体察使李元翼逃到了金乌山城。
六日，倭军的船只逼近了全罗道的求礼，求礼是全罗道门户，地位十分重要，然而求礼县监李元春弃城往南原逃去。
到了八月八日，
此时的南原城内，该逃的人已经逃了，不该逃的人也逃的差不多了，坐镇南原的副总兵杨元开始分配城中兵力：城上布兵力八百，土堞配置兵力一千二，此外一千则作为游击。
也是这天，倭寇右军一路纵火，杀到了庆尚道边境的局昌、山阴。
十日，李元春逃到了南原，杨元这才知道倭军大体行进速度，他担心倭军会占据城外的蛟龙山城，于是便命南原府使放火烧光了山城的民居以及南原城外稠密的房屋。
看到蛟龙山城化为废墟，杨元眼底还是闪过一丝后悔，当初他才进驻南原时，并没有听取接伴使郑期远的建议：放弃南原，改守蛟龙山城，如若不可，则两城同守。
他当时直接就拒绝了，本来兵力就不多，只能固守一处，若再分心防守，岂不军心都要涣散？并且还把蛟龙山城的军器、粮食全搬进了南原。
可如今来看，南原地处平原，根本无险可守，还不如蛟龙山城。只是现在后悔也来不及了。
十一日，左军从求礼出发，并在求礼北面山头宿星岭驻扎，随后侦察小分队便在城外展开侦察。十二日，小西行长等部下宿星岭，屯兵于南原城外的源川院，其先锋又抵达寥川河，并在东南方向三十里开外的地方放炮，一时炮声隆隆，硝烟漫天。
同一天，全罗道兵使李福男，防御使吴应台率一千人协守南原城。只是中途遭倭军截杀，进城后也只剩七百人，加上杨元的三千兵马，城内总兵力不超过五千。
八月十三，
这天，天气似乎也挺作美，不过配着城外漫山遍野，四处黑压压的人影，杨元一口老血堵在喉咙出不来。他又想起了碧蹄馆那次战役，同样是力量悬殊……他能仅凭一千人就能杀开缺口，而让李如松等人全身而退。
这次呢？李如松附体有戏吗？
四门同时受敌，城内本就捉襟见肘的兵力只得分散在四处，南门是宇喜多秀家亲自带领家将驻守，他看看时辰，再看看不远处如探囊取物一般的南原城，很快发出了攻城命令。
天空本来湛蓝，可很快，就被染上了一层血色。炮火轰鸣，嚎叫、咒骂、哭泣，再配上箭矢刺入肉里的撕裂声，石头被重重砸下的声音，火器射中肉体发出的沉闷声，空气中弥漫着血腥之气……如此种种，就像十八层地狱的人间再现。
攻城头一天，明军的火炮占了优势，到了十四日，倭军为了尽快攻下南原，改变了进攻方式，不仅找来登城工具，还打算填平城外的护城河。并在护城河外竖起三层木栅，以防止城内突围而出。
之前杨元命人烧毁了城外的民舍，但石墙、土壁却没被摧毁，此时正被倭军当作掩体，在墙上凿开空洞，从中向城内发射铁炮。这一招确实有效，打死了不少明军士兵。
虽说杨元久经沙场，但三天下来，守军伤亡惨重，而且护城河也被倭军填平，眼看破城在即。其实他也非一味死守，三天后，便开始寻求和谈，只是小西行长的意思是希望他让出南原，但杨元却对使者道：“我自十五岁为将，横行天下，战无不胜！今以精锐十万，来守此城！退保？无命令也！”
谈判使者无法说服杨元，便从南门退去，待出了南门又回头对城内喊道：“千余残卒，岂能当百万之众？天将有何恩于朝鲜，而致贻后悔耶？”
如此动摇军心的话果然奏效，城内残余兵卒已毫无士气可言。
到了十六日，倭军再次催促杨元让出南原城，看看眼前的形势，耳朵里听到的是震天的哭声，杨元也知此城难保，城内的守军在盼着陈愚忠的援兵，可只有他心里清楚，陈愚忠不会来。
“恐顾彼失此也，非不欲救，信地难以轻离……”
傍晚二更时分，南门就被攻破，倭军杀将进来，此时的杨元才从梦中惊醒，显得异常狼狈，他迅速脱掉传报官的衣服鞋子自己穿上，抛弃了城内还在坚守的明军、朝鲜军，带着自己的随从，从西门逃走。
西门是小西行长的一万六千兵马守着，而小西行长得到消息后，想了想，为了将来还能与明朝谈判，最终还是放了杨元一马。
杨元坚守了四天，南原最终城破，倭军进入南原，随即展开屠城……
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南原失陷后果十分严重，驻守全州的陈愚忠为保存实力弃城而走，吴惟忠也接到撤兵命令，撤离了忠清道。倭军随后就长驱直入，不仅全州，黄石山城、公州等地也相继沦陷，王京汉城岌岌可危。
南原一役，已是雪上加霜，早在七月，元均率领的朝鲜水军被倭水军大败于漆川梁，几乎全军覆没。如此一来，十二万水陆大军并进，直逼汉城。
而此时朝鲜国王李昖唯一能做的就是哀告中央朝廷：目今贼之大势，三路并进，充斥忠清道内林川、韩山、青阳……稷山，已及京畿，剥肤之患，迫在朝夕……
尽管倭寇还在畿辅之外，汉城却已然骚乱起来，百姓四散逃离，朝鲜王廷有朝臣献策，让王妃世子先幸黄海道遂安以避。
与此同时，先期入朝的明军也陷入困境，因为二城的失守，遂造成东西皆倭的局面，势单力薄，只有退守王京，依险汉江。
老油条麻贵此时正驻守王京，他对守住汉城并没把握，手上兵力不过万余，再加上与朝方配合不利，面对这样的局势，他不禁陷入深深思考——
“与其守汉城不如退守鸭绿江……等刑经略调来援朝大军之后，再谋求光复汉城吧，”虑定，他便提笔给刑玠写信，而后又去告知朝鲜国王，做好准备与他一起离开。
只是他似乎忘了此时刑总督不在朝鲜，兵务临时调度则是在平壤的杨鎬杨经理负责。
杨鎬一听说麻贵想放弃王京，以为不妥，于是便星夜兼程从平壤杀到王京汉城。
杨经理一身凛然，到汉城之后，立即招来麻贵：“骂替独，你这是想赶煞？”
麻贵见到杨鎬这才一激灵，哎呀，怎的将杨经理忘记了？娘的，文官得罪不起啊！
鸡贼的麻贵很快就打消了弃守的念头，而杨鎬为收拾军心计，决定整饬军纪，首先就是问罪于败将杨元及逃将陈愚忠。麻贵还想保下陈愚忠，只是杨经理早已将两人的罪状拟好并呈给刑玠。
尤言陈愚忠的罪责：“谓南原被围，已传檄愚忠催督数次，而愚忠按兵不凯南向……”
麻贵心中暗骂：免门票！瞧这话说的，好像就跟他无关一样！老子幸亏没有弃守，否则，指不定他要怎么打小报告呢！
刑玠得报后也很快上疏朝廷：请以重典治二将失律之罪。
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